برای درمان زگیل تناسلی از روش های مختلفی استفاده می شود که متداول ترین آنها لیزر زگیل تناسلی و کرایو می باشد. بر اساس تجربه بیمارانی که دچار زگیل بوده اند معمولا لیزر زگیل تناسلی جوابدهی بهتری دارد چرا که به صورت عمقی تر ریشه زگیل را می سوزاند و در یک جلسه انجام می شود اما کرایوترایی زگیل ها را منجمد می کند و بعد از آن باید از یک پماد استفاده کنید. معمولا طی یک تا دو هفته زگیل ها می افتند.